Hodnocení dokazování v daňovém řízení musí respektovat ust. § 2 odst. 3 zákona o správě daní a poplatků (dnes ust. § 8 odst. 1 daňového řádu) – zásada volného hodnocené důkazů. Hodnocením dokazování je myšlenková činnost, která nesmí obsahovat formy libovůle či nelogičnosti. Při hodnocení dokazování je provedeným důkazům přisuzována hodnota závažnosti, zákonnosti a pravdivosti. Hodnocení důkazů však musí vycházet ze všech skutečností, které z daných důkazů plynou, přičemž nelze vyjmout pouze určité části důkazů a z těch vyvodit skutkové závěry obecné, zejména ne za situace, kdy všechny důkazy (nebo i jejich jednotlivé komponenty) nejsou jednoznačné, či jsou dokonce protikladné. V takovém případě je jediným východiskem zhodnotit veškeré skutečnosti, které se z daných důkazů podávají, a pro konstrukci skutkového stavu logickým způsobem vyložit, které důkazy (či jejich části) byly do skutkového zjištění pojaty a proč, a které nikoliv, přičemž i tato úvaha musí být konkrétně zdůvodněna.
Při hodnocení dokazování je pak nutné v daném konkrétním případě vycházet i z právní úpravy, která vymezuje rámec skutkových zjištění nutných pro náležitou aplikaci právní normy. Jinými slovy řečeno, není nutné dokazovat skutečnosti, které pro konkrétní rozhodnutí nemají žádného právního významu, na druhou stranu je pak ovšem i nutné pečlivě zhodnotit skutečnosti, které právní význam pro posouzení věci mají. Myšlenkový proces při hodnocení důkazů právě proto vychází z jednotlivých složek zmíněných výše – první úvahou rozhodujícího orgánu musí být kritérium závažnosti. Toto kritérium určuje, který důkaz má význam pro skutkové zjištění, jež je nutné pro zhodnocení hypotézy právní normy. Právě hypotéza právní normy v daném myšlenkovém procesu vymezuje ty konkrétní skutečnosti, které je nutné dokazováním zjistit.
Po takto vymezeném rámci dokazování pak nastupuje kritérium zákonnosti, které reprezentuje již samotné provádění důkazů.
Po provedení důkazů pak je nutné provést kritérium pravdivosti, které celý proces dokazování završí, a z takto provedeného dokazování určí skutečnosti významné pro řádné skutkové zjištění. Při hodnocení důkazů nelze kritériem pravdivosti hodnotit ty důkazy či jejich části, u nichž nepředchází kritérium závažnosti. Teprve důkaz, který obstojí v kritériu závažnosti, je proveden zákonným způsobem, a může být spolehlivě hodnocen kritériem pravdivosti.
(podle rozsudku Nejvyššího správního soudu ze dne 19.7.2006 čj. 2 Afs 83/2005-72, www.nssoud.cz)